《中华人民共和国知识产权海关保护条例》(以下简称《条例》)没有在总则中列出实施知识产权海关保护应当遵循的原则，但这些原则隐含在各章的条款中，主要可以概括为以下六项：

1.“预先备案”原则

随着国际贸易的不断发展，出入境领域的知识产权侵权行为也日益增多。社会各阶层开始意识到保护知识产权的重要性，越来越多的企业和个人申请注册商标权、专利权和著作权。截至2003年底，我国有效注册商标190多万件，加上国内外其他知识产权，可谓多如牛毛。对于如此大量的知识产权，海关不可能也不可能承担全部保护职能。为了有重点地保护知识产权，集中力量打击进出境环节的侵权行为，中国海关采取“备案先行”的原则保护知识产权。所谓“预备案”，是指商标所有人请求海关保护其与进出境货物有关的商标权的，应当将其商标权向海关总署备案，并在认为必要时向海关申请采取保护措施；商标所有人请求海关对未向海关总署备案的商标权采取保护措施的，应当同时向海关总署提出申请。通过采取“备案先行”的原则，海关还可以对申请保护的商标权进行初步权利审核和有效性审核，防止无权申请保护的企业或个人申请保护，从而影响他人的正常进出口贸易。同时，在备案时，权利人应提供商标权现状、权利人联系方式、商标权的合法使用、涉嫌侵权单位、相关图片和照片等信息。以便海关在日常监管货物中确定检查重点，并及时进行比较。一旦发现涉嫌侵权商品，可以及时联系权利人。海关保护和商标权备案也可以对进出口侵权商品的企业起到警示和威慑作用。

到2003年，在海关总署注册的知识产权共有3728项，其中注册为商标权的有2392项，约占69%。商标权注册中，国内商标注册1387件，约占58%。

2.“主动保护”与“被动保护”相结合的原则

国外知识产权海关保护主要有两种类型：一种是遵循被动保护原则，即必须以知识产权权利人的保护意志为前提。权利人未申请保护的，海关不会主动调查；另一种是海关依职权主动调查。

鉴于侵犯商标权不仅直接损害权利人的利益，也侵害了国家和消费者的利益。海关作为进出境货物的监管机关，应当有权主动查处和扣押属于禁止进出口货物的商标侵权货物。同时，海关对商标权的保护是以保证合法国际贸易畅通为前提的。海关不可能为了制止有商标侵权行为的进出境货物而对所有进出境货物进行逐一检查。一般情况下，只有通过商标权人的申请，并提供尽可能详细的信息，才能被查封。因此，根据中国的国情和国际海关惯例，中国海关采取了“积极保护”和“消极保护”相结合的原则。

3.保证与反担保相结合的原则

商标权利人的申请经依法核准后

出于公平考虑，并鉴于商标权人在信息不完整或失真的情况下可能提出不当主张，为使双方损失最小化，各国海关一般允许货主对其货物被扣押提出异议并有权申请通关，但同时必须提供反担保。这种反担保可以保证业主承担相应的法律责任，如扣发等值价款、罚款等。当海关决定或法院判决确定其侵权时。

4.非商业性侵权商品的有限免责原则

在实施知识产权海关保护的国家和地区，侵犯知识产权的进出境货物一般规定为禁止进出境货物。同时，对少量携带、邮寄进出境的非商业侵权货物采取有限豁免原则，不按侵权货物处理，由海关放行。TRIPS协议也有类似的规定。

中国的知识产权海关保护也遵循这一国际惯例。个人携带进出境行李物品或者邮寄进出境物品超过自用合理数量，侵犯中华人民共和国法律、行政法规保护的知识产权的，视为侵权货物，依照本条例的有关规定处理。相反，供个人使用的合理数量内的侵权邮递物品，不能作为侵权物品处理。

5.不接受当事人之间民事纠纷的原则

商标侵权的货物进出境不仅是行政违法行为(情节严重的甚至是犯罪行为)，也是民事侵权行为。

除海关对侵权人的行政处罚(或司法机关追究刑事责任)外，商标权人有权要求侵权人承担相应的民事责任。此外，商标权人错误申请等不当行为也可能对所有人构成侵权，使其因货物无法及时进出境而遭受损失，所有人也有权要求所有人承担相应的民事责任。

根据我国《民法通则》等相关法律，当事人之间的民事纠纷可以通过协商、第三方调解、仲裁或司法等方式解决。

海关作为国家行政机关，负责对关境进出境进行监督管理，没有能力也无权受理民事纠纷。

6.保守商业秘密的原则

在实施商标权进出境保护过程中，海关通过备案、申请等方式办理。

握了大量的权利人的商业秘密，如与商标权有关的货物的进出口商正常价格等情况即属于商业秘密的范畴。在市场经济竞争日趋激烈的今天，“商场如战场”，保守商业秘密对企业具有重要意义。因此，《条例》第六条规定：“海关实施知识产权保护时，应当保守有关当事人的商业秘密”。